La localidad de Puente Aranda ocupa un terreno plano,con ligero desnivel de oriente a occidente. Se encuentra ubicada en su totalidad sobre áreas que constituyeron humedales. Sus terrenos se encuentran ubicados a una altitud aproximada de 2.600 metros sobre el nivel del mar (msnm).
El principal río de la localidad es el río Fucha, el cual nace en los cerros orientales; a la altura de Vitelma 12 se represa, luego se desliza por la hoya ubicada entre la Escuela de Apoyo de Servicio para el Combate (costado norte) y los barrios La Gran Colombia y San Cristóbal (costado sur). A partir de la carrera 6ª. con calles 13 y 14 sur, éste es canalizado hasta la avenida Boyacá, en donde termina el canal artificial, y continúa su curso hasta desembocar en el río Bogotá.
De igual manera, esta localidad incluye los vallados de río Seco, Albino y Comuneros, que fueron canalizados.
Los anteriores ríos, junto con el caño San Francisco, pertenecen a los ecosistemas de protección hídricos de la ciudad. Su preservación y uso adecuado incide en detener el proceso de deterioro actual del río Fucha y, por ende, del río Bogotá.